市立小・中学校及び義務教育学校の通学区域を掲載しています。 （令和2年4月1日現在）
| 小学校・義務教育学校 | 中学校・義務教育学校 | 通学区域 |
|---|---|---|
| 土浦小 | 第一中 | 中央一丁目，中央二丁目，東崎町，城北町，川口一丁目，川口二丁目， 大和町，大町，大手町， |
| 文京町，千束町，生田町，立田町，田中町，田中一丁目，田中二丁目， 田中三丁目，虫掛， | ||
| 常名の一部，桜町四丁目，湖北一丁目，湖北二丁目，宍塚の一部，矢作，飯田，佐野子，粕毛 | ||
| 下高津小 | 第四中 | 下高津二丁目，下高津三丁目，下高津四丁目，中高津一丁目，中高津二丁目，中高津三丁目， |
| 上高津，宍塚の一部，上高津新町，国分町， 天川一丁目，天川二丁目，桜ケ丘町，永国の一部 | ||
| 東小 | 第三中 | 中，中村西根の一部 |
| 第四中 | 永国の一部，永国台，永国東町 | |
| 大岩田小 | 第六中 | 大岩田，霞ケ岡町，小岩田東一丁目，小岩田東二丁目，小岩田西一丁目， |
| 小岩田西二丁目，烏山一丁目，烏山二丁目，烏山三丁目，烏山四丁目，烏山五丁目 | ||
| 真鍋小 | 第二中 | 真鍋一丁目，真鍋二丁目，真鍋三丁目，真鍋四丁目，真鍋五丁目，真鍋六丁目，東真鍋町， |
| 西真鍋町，真鍋新町，木田余，木田余東台一丁目，木田余東台二丁目， | ||
| 木田余東台三丁目，木田余東台四丁目，木田余東台五丁目，木田余西台，殿里， | ||
| 東都和，若松町，東若松町，板谷七丁目の一部 | ||
| 都和小 | 都和中 | 並木五丁目，都和二丁目，都和三丁目，板谷一丁目，板谷二丁目，板谷三丁目，板谷四丁目， |
| 板谷五丁目，板谷六丁目，板谷七丁目の一部，中貫，中都町一丁目，中都町二丁目，中都町三丁目， | ||
| 中都町四丁目，笠師町，東中貫町，今泉，小山崎，粟野町，紫ケ丘 | ||
| 荒川沖小 | 第三中 | 北荒川沖町，中荒川沖町，荒川沖東一丁目，荒川沖東二丁目，荒川沖東三丁目， |
| 荒川沖西一丁目，荒川沖西二丁目，荒川沖，荒川本郷，沖新田 | ||
| 中村小 | 第三中 | 中村西根の一部，西根南一丁目，西根南二丁目，西根南三丁目， |
| 中村南一丁目，中村南二丁目，中村南三丁目，中村南四丁目，中村南五丁目，中村南六丁目， | ||
| 卸町一丁目，卸町二丁目，西根西一丁目，中村東一丁目，中村東二丁目，中村東三丁目 | ||
| 土浦第二小 | 第一中 | 桜町一丁目，桜町二丁目，桜町三丁目，有明町，港町一丁目，港町二丁目，港町三丁目， |
| 蓮河原町，蓮河原新町，滝田一丁目，滝田二丁目 | ||
| 第四中 | 富士崎一丁目，富士崎二丁目，下高津一丁目，小松一丁目，小松二丁目，小松三丁目， | |
| 小松ケ丘町，千鳥ケ丘町 | ||
| 上大津東小 | 第五中 | 沖宿町，田村町，おおつ野一丁目，おおつ野二丁目，おおつ野三丁目，おおつ野四丁目， |
| おおつ野五丁目，おおつ野六丁目，おおつ野七丁目，おおつ野八丁目 | ||
| 神立小 | 第五中 | 神立町の一部，神立中央一丁目，神立中央二丁目，神立中央三丁目， |
| 神立中央四丁目，神立中央五丁目，中神立町，北神立町 | ||
| 右籾小 | 第六中 | 右籾，摩利山新田 |
| 都和南小 | 都和中 | 並木一丁目，並木二丁目，並木三丁目，並木四丁目，東並木町，西並木町， |
| 常名の一部，都和一丁目，都和四丁目 | ||
| 乙戸小 | 第三中 | 乙戸，乙戸南一丁目，乙戸南二丁目，乙戸南三丁目，小山田一丁目，小山田二丁目 |
| 菅谷小 | 第五中 | 手野町，神立町の一部，菅谷町，白鳥町，神立東一丁目，神立東二丁目 |
| 新治学園義務教育学校 | 新治学園義務教育学校 | 藤沢，大畑，上坂田，下坂田，高岡，田宮，藤沢新田，田土部， 永井，本郷，大志戸，小野，東城寺，小高，沢辺 |
※ 平成26年3月31日をもちまして，土浦市立宍塚小学校は閉校となり，平成26年4月1日付で土浦小学校と統合になりました。
※ 平成30年3月31日をもちまして，土浦市立藤沢小学校，斗利出小学校，山ノ荘小学校，新治中学校は閉校となり，平成30年4月1日付で土浦市立新治学園義務教育学校となりました。
※ 令和2年3月31日をもちまして，土浦市立上大津西小学校は閉校となり，令和2年4月1日付で菅谷小学校と統合になりました。