市域に大きな被害があった過去の地震と風水害は以下のとおりです。（令和3年4月1日現在）
■土浦市における地震被害年表
| 年 | 月日 | 名称･地域 | 被害状況（土浦市） | 被害状況（茨城県） | 備 考 |
| 818 | － | 関東諸国 | － | 相模、武蔵、下総、常陸、上野、下野などで被害。圧死者多数。 | M7.5以上 |
| 1677 | 11.4 | 磐城･常陸･
安房･上総･ 下総 |
－ | 磐城から房総にかけて津波。房総で溺死者246余、家屋全壊223余。 | M8
震源：房総半島東方沖 |
| 1855 | 11.11 | 安政江戸地震 | － | 結城で液状化の被害の可能性あり。 | M7程度
土浦市で震度5程度 |
| 1895 | 1.18 | 霞ヶ浦付近の地震 | 旧新治村で死者3人、家屋全壊3棟、半壊1棟、破損435棟、土蔵破損176棟、煙突倒壊17本 | 鹿島、新治、那珂、行方で被害が大きい。死者4人、負傷者34人、家屋全壊37戸、半壊53戸、破損1,190戸 | M7.2
土浦市で震度5程度 |
| 1921 | 12.8 | 龍ヶ崎付近の地震 | － | 龍ヶ崎で墓石が多く倒れ、田畑・道路に亀裂が発生。 | M7.0
関東一円で震度4 |
| 1923 | 9.1 | 関東地震 | 土浦駅前の赤煉瓦倉庫が崩壊。本町で煉瓦塀が倒壊。土浦小学校校舎の屋根に被害発生。 | 死者5人、負傷者40人、家屋全壊517戸、半壊681戸。茨城県南部を中心に被害が発生。 | Ｍ7.9
土浦市で震度5程度 |
| 1983 | 2.27 | 茨城県南部の地震 | － | 軽傷2人、家屋一部破損111
龍ヶ崎の被害が大きい。 |
M6.0
|
| 1987 | 12.17 | 千葉県 東方沖地震 |
－ | 神栖町、東村で負傷者1人。水戸市、岩井市、桜川村、河内村等で家屋の一部破損1,055棟 | M6.7
茨城県東南部で震度5 |
| 2005 | 2.16 | 茨城県南部の地震 | 軽傷者1人 | 負傷者（重傷3名、軽傷4名）
龍ヶ崎市でブロック塀の被害1件 |
M5.4
土浦市で震度5弱 |
| 2008 | 5.8 | 茨城県沖 | 住家一部破損1棟 | 水戸市で震度5弱を記録。常総市で軽傷者1人。下妻市・土浦市で住家一部破損7棟。 | M7.0
土浦市で震度4 |
| 2011 | 3.11 | 三陸沖 | 軽傷者7人。家屋全壊3棟、大規模半壊2棟、半壊41棟、一部損壊3,060棟。火災発生1件。11日夜の避難者数2,324人
その他、液状化被害、停電・断水等ライフライン被害が発生 |
8市で震度6強、21市町村で震度6弱を観測。同日15:15に茨城県沖で最大余震(M7.7)が発生し、鉾田市で6強、神栖市で6弱を観測。
人的被害：死者24名、行方不明者1名、重傷33名、軽傷674名 住家被害：全壊3,070棟、半壊23,988棟、一部損壊173,624棟 床上浸水1,719棟、床下浸水711棟
|
M9.0
土浦市で震度6弱 地震及び津波により発生した福島第一原子力発電所事故により、市域でも放射能によるスポット的に高い地域が発生。 |
M：マグニチュード －：被害の詳細不明（記録なし）
■土浦市における風水害被害年表
| 年 | 月日 | 名称 | 被害状況（土浦市） | 被害状況（茨城県） | 備 考 |
| 1938 | 6.28
～ 7.8 |
梅雨前線 | 旧土浦市：死者行方不明者6名、全半壊家屋658戸、流出家屋133戸、床上・床下浸水5,500戸。23日間にわたる滞水により赤痢、疫痢が発生した。 | 死者47人、全壊家屋834戸、家屋流失437戸 | 県下で400～700mm。
水戸の日雨量63mm。 土浦市で総雨量443mm。 |
| 1941 | 7.22 | 台風8号 | 旧土浦市：下水道と新川の氾濫に始まり、利根川の増水と、これに伴う霞ヶ浦の水位上昇により、3,462戸の床上浸水が発生した。市街地は14日間滞水した。 | 死者6人、全壊家屋150戸、流出家屋292戸 | 3日間の雨量（境443mm、取手302mm） |
| 1944 | 10.8 | 台風20号 | － | 死者22名、全壊家屋7戸 | 中部地方を横断して日本海へ抜けた。 |
| 1947 | 9.15 | ｶｽﾘﾝ台風 | － | 死者74人、全壊家屋294戸、全壊家屋流失194戸 | 水戸で381mm |
| 1948 | 9.16 | 台風 | － | 死者3名、全壊家屋流失
251戸 |
千葉県中央部を通過 |
| 1949 | 9.1 | キティ台風 | － | 死者4名、全壊家屋流失1,145戸 | 小田原付近に上陸し群馬県を通過 |
| 1958 | 7.23 | 台風11号 | － | 死者1名、全壊家屋4戸、流失家屋2戸 | 栃木県を通過し、前線を刺激。那珂川上流に500mmmの降雨 |
| 1958 | 9.18 | 台風22号
(狩野川台風)
|
－ | 全壊家屋4戸 | 伊豆半島沿岸から茨城県を通過 |
| 1958 | 9.27 | 台風21号 | － | 全壊家屋16戸 | 伊豆半島、三浦半島から茨城県を通過 |
| 1961 | 6.27 | 梅雨前線 | 匂橋付近の桜川の堤防が決壊し水害が発生
旧土浦市：床上浸水248戸、床下浸水607戸、田畑冠水904ha |
死者12名、全壊流失14戸 | 土浦市で総雨量229.7mm。岩井で2日間の雨量319mm。 |
| 1969 | 8.23 | 台風9号 | － | 死者2名、全半壊57戸 | 山梨県から栃木県を通過、猿島町で竜巻発生 |
| 1977 | 9.19 | 台風11号 | － | 死者4名（県道陥没で通過自動車が転落し3名死亡） | 山梨県から茨城県北部を通過） |
| 1979 | 10.19 | 台風20号 | － | 死者1名、全壊家屋3戸 | 紀伊半島に上陸し中部地方を通過 |
| 1986 | 8.4 | 温帯低気圧 | 旧新治村：床上浸水4戸、床下浸水30戸、田畑冠水231ha | 死者4名、全壊家屋8戸 | 台風10号から変わった温帯低気圧が房総半島を通過 |
| 1993 | 8.27 | 台風11号 | 北荒川沖町周辺、東真鍋町周辺で内水氾濫が発生 | － | 土浦市で日雨量112mm |
| 1994 | 9.16
～17 |
集中豪雨 | 花室川周辺の小範囲に内水氾濫が発生 | － | 土浦市で日雨量19mm。筑波(舘野)で日雨量102mm |
| 1996 | 9.22 | 台風17号 | 真鍋周辺で被害発生、床上浸水4戸、床下浸水13戸、道路冠水45箇所、がけ崩れ1箇所 | － | 土浦市降雨量183.7mm、時間最大降雨量40.5mm |
| 2009 | 10.8 | 竜巻 | 宍塚を中心に下高津から矢作で発生、負傷者2名、住家被害全壊1棟・半壊11棟・一部破損94棟 | － | 台風18号の接近に伴う。同日、利根町から龍ヶ崎市でも突風が発生。 |
| 2012 | 5.6 | 竜巻 | － | 死者1名、負傷者(軽傷)42名、全壊家屋105戸、半壊家屋139戸、一部破損家屋501戸 | 同日、県内3箇所で竜巻が発生。常総市・つくば市、筑西市・桜川市、常盤大宮市・栃木県真岡市・益子市・茂木町。 |
| 2015 | 9.9
～11 |
関東東北豪雨 | 床下浸水1戸 | 死者（関連死含む）15名、全壊家屋54戸、半壊3,747件、床上浸水230戸、床下浸水3,880戸 | 県内初となる、大雨特別警報が発令 |
| 2019 | 9.9 | 台風15号 | 住家被害：半壊5棟、一部損壊43棟 | 負傷者25名、住家被害：全壊4棟、半壊84棟、一部損壊4705棟、床下浸水1棟 | 多くの地点で観測史上1位の最大風速・最大瞬間風速を観測。大規模な停電が発生 |
| 2019 | 10.12 | 台風19号 | 負傷者5名、
住家被害：一部損壊43棟 |
死者2名、負傷者20名、住家被害：全壊146棟、半壊1599棟、一部損壊1461棟、床上浸水13棟、床下浸水350棟 | 静岡県や新潟県、関東甲信地方、東北地方を中心に広い範囲で記録的な大雨 |
－：被害の詳細不明（記録なし）